同大会は、『ポケットモンスター スカーレット・ バイオレット』で、ポケモンバトルの日本一を決めるもので、4月より開催されたインターネット大会予選（第1回〜第3回）のいずれかで上位入賞した人（各150人、計450人）が今回、招待制インターネット大会となる本戦へ。その後、ジュニア・シニア・マスター各カテゴリの上位64人による決勝が6月に行われ、日本初開催となるポケモン世界大会『ポケモンワールドチャンピオンシップス2023』（開催地・横浜）への出場権を獲得することができる。
本選の大会ルールは予選と同じくダブルバトルで、必要な対戦回数は10戦、対戦回数の上限20戦となり、上位64人になるために朝からポケモンバトルが繰り広げられていた。
しかし、本選がスタートするとネット上では不具合と見られるものが見つかり、「・現在レートが表示されない ・中断の選択肢もなく強制的に20連戦 ・同じ相手との3連戦は日常茶飯事」「PJCS本戦 1戦目 ◯2戦目 ↑と同じ人 × 3戦目 ◯ 4戦目 ↑と同じ人 × 5戦目 ↑と同じ人 ◯」「pjcs本戦 ・改造ポケモンが居る(2体確認済み) ・連戦でやめれない」など、不満の声が相次ぐ事態に。
不具合の内容をまとめると、“試合終了、強制的に次の試合（対戦相手のマッチング）が進み、途中休憩する余裕がない状態で連戦が続く”、“自分自身と相手のレート情報（対戦回数や勝敗数など）が表示されない”、“同じ人と再戦が続く”などの現象に「PJCS本戦。対戦自体でなく対戦方法の問題なので。例えるなら、センター試験会場に行ったら「今回はトイレ休憩なしで5教科連続でやります」って言われたみたいなもんで。意図的だとしたらそれで学力計れます？意図的で無いとしたらその結果でOKにするつもりです？みたいな話ですよ」といった不満や批判の声が出た。
予選の時は対戦するタイミングは参加者自身が決められ、例えば3回ほど戦ったあと少し休憩してその後5戦やるなどができた。対戦の際も相手のレート情報が表示されたが、今回は予選と本選の仕組みが違う形に。“同じ人との再戦”は、予選を含めて決して起きないわけではないが確率的に低く、今回の本選では“同じ人との再戦”が多くの参加者が経験したことで、ほかの不具合が重なったこともあり不満が出た形となった。
今回の件についてポケモン公式は参加者へメールにて「お詫び」と題して「本大会において、本来意図していない挙動が発生する不具合があったことを確認しております」と不具合があったことを認めた。
確認されている不具合は「・通常のインターネット大会と同様の”続けて戦うかどうか”を洗濯できるメッセージが表示されず、対戦中断ができない」「・上記状態により、自分が対戦した回数やレートの確認を行える画面を見ることができない」「・一度対戦した相手とレートが近しい場合、再度マッチングしてしまう」などを上げ、参加者から指摘された不具合を確認したと報告した。
現在、不具合の原因調査を行っているとし、詳細は改めて報告すると説明。「調査の結果によっては、追加の対応を行うことを含めて検討しております。改めてご連絡いたしますので、少々お待ちいただけますと幸いです」とし、「本大会で対戦された際の成績データにつきましては、正常に集計できております。本大会の成績は不当に無効とすることのないよう、今後の対応の検討を進めてまいります」と伝えた。
最後に「大会にご参加いただいた皆様には、ご迷惑をおかけしてことをお詫び申しあげます」と謝罪した。
なお、今回の騒動について、2015年に世界大会を優勝した動画配信者のビエラさんは、今回の本選に参加していることから不具合の数々に苦言。自身のYouTubeチャンネルにて動画を投稿し、「450人の権利を持った人が参加して、勝って64人の中に入れば世界大会に出れる、横浜に行ける大会でした」と今回の本選はポケモンプレイヤーとして重要な大会だと説明した上で、「（今回の不具合は）めちゃくちゃ炎上しております。いつもの大会なら『ヤバすぎ！』というのはないです。過去一番、ぶっちぎりでヤバイです！ ヤバイ仕様になっておりまして、こんなに炎上している大会は初めて見ました」と騒動の深刻さを強調した。
続けて「何がヤバイかと言うと、対戦が終わったあとに『次、潜りますか？』（※次の対戦相手と戦いますか？という意味）という表示が出ないです。連続で強制的に潜らされます。その上で同じ人と当たります。僕も今回、同じ人と当たり散らかしました。3連続はなかったのですが中にはいました。想定していなかった連続マッチでした」と伝えた。
同じ人との再戦問題については、手の内（作戦）がバレた上で対戦することになったり、自身のパーティーが相手に不利な場合は負け続けることを意味し、「そんなのもう、最悪じゃないですか」とプレイヤー目線で問題点を話した。
その後「レートが表示されていません！ 今、自分が何勝しているのかわかりません！ ここ数年の傾向は順位が出たりとか、レートと順位も出るみたいなことがあったと思うのですが、今回はレートも出ないし、勝敗数も出ない状態になっています。先ほど言った連続で潜らないといけない仕様によって、休憩ができないわけですよ。6時間も大会時間があって、トイレに行きたい、一瞬寝っ転がりたい、飲み物を飲みたいというのがあるじゃないですか」と不満を爆発させた。
