最終回前編では、“13”を名乗る犯人から、「日本を再生不能にした戦犯を処刑する」というメッセージが、全国各地の“被害者”宅に一斉に届けられる事案が発生。13が言う“戦犯”とは、いずれも故人のことで、“処刑”は遺骨を叩き潰すこと。被害者は遺骨を盗まれた遺族だった。
後編では、警察庁から捜査権を与えられ、遺骨盗難事件を追っていた杉下右京（水谷）と亀山薫（寺脇）は、わずかな手掛かりから犯人が学校関係者ではないかと推理。鉄道マニアの米沢守（六角精児）に協力を要請し、“13”を名乗る犯人グループがたどったルートの解析にかかる。
同じ頃、神戸尊（及川光博）と内閣情報調査室の社美彌子（仲間由紀恵）は、密かに初会合を設け、それぞれの思惑を交錯させていた。
そんな中、遺骨が盗まれた元官房室長・小野田公顕（岸部一徳）の小野田家をはじめとする被害者宅に、2通目のメッセージが届く。そこには“身代金”に関する指示が書かれていたが、受け渡しの方法と金額は予想外のものだった。
そして、被害者13家族の中の2家族が、断固としてそれを拒否。その内の1軒、真野家を訪れた右京は、応対に出た中学生の息子・正義（柴崎楓雅）に引っ掛かるものを感じる。正義はつい先日、奈良に遺跡巡りの旅に出たというが、引率した葛葉宰三（渡辺いっけい）という私塾の塾長も、一癖ある人物で…というストーリー。
物語の最終盤、小料理屋「こてまり」に集まった右京、薫、米沢に、薫の妻・美和子が得意料理「美和子スペシャル」を振る舞うことに。今シーズンでは2度目の登場となり、「まさかの最終回で登場するとは（笑）」「やばい色！」「さらに青い…」「最後の最後の最後に全てを持っていく美和子スペシャル」「パワーアップバージョンだな（笑）」などの反響が寄せられ、トレンド入りするほどの話題となった。
