1987年に刊行された内田春菊氏の人気漫画『南くんの恋人』（青林工藝舎刊）は、これまで4度もドラマ化され、テレビ朝日では1994年に高橋由美子＆武田真治、2004年には深田恭子＆二宮和也、と2度にわたって制作された。
本作は、南くん（八木）が15センチの手のひらサイズになって、恋人・ちよみ（飯沼）の前に現れる男女逆転バージョン。脚本を手掛けるのは、1994年放送の高橋＆武田版『南くんの恋人』でも脚本を担当した岡田惠和氏。30年越しに新しくなった『南くんが恋人!?』で筆を執り、ひと夏の甘くほろ苦いホーム・ラブコメディーをつむぐ。
初回は、ちよみが高校生活最後のバスケットボール県大会予選に挑む場面からスタート。万年控え選手だったちよみについに出場機会がめぐってきたその時、ちよみの幼なじみであり、最愛の人、そしてバスケットボール界のスターでもある南浩之＝南くん（八木勇征）が体育館に応援に駆けつける。
残念ながら試合には負けてしまい、清々しさの中にも一抹の後悔を残すちよみ。そんなちよみに、南くんは慰めと励ましの言葉をかけるが、いつだって完璧な南くんに、ちよみは少しだけ不安な気持ちを抱くのだった。
ほどなくして、南くんの大学バスケ部の試合が開催されることに。応援に行くというちよみと南くんは、試合後に会う約束を交わす。そして迎えた試合当日。約束通り、南くんとの待ち合わせ場所に向かったちよみだったが、なぜかいつまで待っても南くんは現れず。
南くんは待ち合わせ場所に向かう途中、急に方向転換してきたトラックにぶつかりそうになり…目が覚めると15センチに体が縮んでしまっていた。南くんは小さくなったことに気づき動揺するが、さまざまな手段を使って待ち合わせ場所へ。ついにちよみと再会したところで初回は終了した。
南くんが小さくなった場面でははっきりとした原因は明かさず、SNSでは「事故で小さくなったの？」「轢かれないようにちっちゃくなっちゃったの!?」「えええええそれでどうして小さく???」「南くん事故に巻き込まれて小さくなったってことは…」「今後どうなるの？」など、さまざまな声が寄せられた。
