1986年4月の放送開始から特番を含めて1722回の放送でピリオドを迎えた。2代目司会のフリーアナウンサー石井亮次をはじめ、初代司会でクイズマスターの草野仁、レギュラー解答者の黒柳徹子、野々村真らが出演。第1回から数十回にわたり訪れたエジプトなど古代文明や、アフリカ、南米のジャングルなどでのロケなど、世界170の国・地域で取材を敢行し、その貴重映像があらためて公開された。
土曜の夜としては異例の38年間という放送期間。SNSでは、かつてのミステリーハンター経験者たちから惜別の声が上がった。ミュージシャン大槻ケンヂは「服部フェス前乗り大阪宿で『世界ふしぎ発見』最終回観てる」と報告。「昔ミステリーハンターやらせていただいた。いい思い出です」とつづった。
同じくミステリーハンターの経験があるコメディアンの越前屋俵太は、「世界ふしぎ発見！最終回でしたね」とつづり、出演に至った裏話を明かした。「探偵ナイトスクープを辞めた時にオファーされました。ナイトスクープに出ているあなたは使いたくない！それが理由でした」。大きな決心を持って出演した番組だったといい、「覚悟して人気番組を辞めた僕にとっては本当にありがたいお話でした。スタッフの皆さん！長い間ご苦労様でした！」と、感謝を記した。
サウナ好きとして知られる女優の清水みさとは、サウナの本場フィンランドなどでのロケに参加した。「圧倒的なそのサウナ愛だけ持ってきてくださいと声をかけていただき、ミステリーハンターになったラッキーガールなわたし。教えてもらった好きのパワーは今もわたしの根源」と、ハンターとしての出演オファーに感謝。水着姿でオーロラを見る神秘的な写真も掲載し、「−20度でサウナ→オーロラ外気浴に成功した奇跡の思い出」と振り返った。
タレント諸岡なほ子は、29日に番組制作・技術チームとの謝恩パーティーに出席したことを報告した。「そこで、ミステリーハンターの中のミステリーハンター、竹内海南江さんに会えました！…」と、竹内らとの横並びショットを公開。励ましの言葉をもらったといい、「そんな心の準備などしているはずもない無防備な私の涙腺は秒で崩壊。海南江さん、ずるい。そして、嬉しい」と感謝していた。
